Polska kolej nadrabia zaległości w dziedzinie nowoczesnych systemów zwiększających poziom bezpieczeństwa. Ten obszar, podobnie jak same tory, wymaga pilnych inwestycji. Brakuje m.in. europejskiego systemu zarządzania ruchem ERTMS, który poprawi bezpieczeństwo, szybkość przejazdu oraz ułatwi prowadzenie przewozów międzynarodowych. Wśród celów inwestycyjnych jest też rozbudowa portów morskich oraz poprawa połączeń kolejowych do nich.

W nowej perspektywie unijnej kolej będzie musiała nadgonić zaległości w inwestycjach infrastrukturalnych. Do tej pory brakowało koordynacji pomiędzy wielomiliardowymi programami taborowymi i inwestycjami w modernizację torów. Zakupy nowych pociągów bez przygotowania odpowiedniej infrastruktury doprowadziły m.in. do zawirowań z certyfikacją Pendolino.