Przewozy kolejowe odgrywają coraz większą rolę w obsłudze Portu Gdynia. Ich znaczenie będzie stale wzrastać wraz z modernizacją linii kolejowych prowadzoną przez PKP PLK. Port prowadzi inwestycje również w wewnętrzną infrastrukturę kolejową. Inną dużą inwestycją jest zagospodarowanie Nabrzeża Bułgarskiego.